有機的顏料和無機的顏料兩者之間的區別基于三個主要因素，這三個主要因素給出如下：
  
顏料的分子結構：碳鏈或碳環總是存在于有機顏料的分子中，由于碳元素與同一類原子表中的氮元素和硫元素有關，所以有時在有機顏料的分子中，氮原子和硫原子也與碳原子一起被發現，例如：偶氮，酞菁，重氮和蒽醌顏料。
  
在無機顏料的分子中，金屬的陽離子與非金屬陰離子呈陣列形式存在。這種排列不允許這些顏料溶解在溶劑和塑料中。例如：氧化鐵黃色，黑色，紅色和棕褐色顏料。
  
來源于它們的來源：有機顏料的主要來源是植物和植物產品，無機顏料由局部化妝品和污垢制成。